根據國家中長期科技發展綱要和國家生物產業發展需求，為構建區域技術創新體系，提高技術創新能力，加大科技成果轉化力度，采用“產、學、研”相結合的方式，由工程中心與科研院校共同組建成立的具有法人資格的工程研究中心。
工程中心在國家產業政策的指導下，與各級科研院所緊密合作，建立專業研發團隊，推進基礎研究、應用研究與產業開發整合，增強自主創新能力，為現代農業生產和農用微生物產業化發展提供科學依據和技術支撐，更好地服務于綠色、無公害、有機農業的可持續發展。
應用微生物技術開發環境友好型微生物肥料、有機肥料及其他微生物產品，實現有機廢棄物的綜合利用。同時持續進行科技成果轉化，增強自主創新能力，培養微生物工程方面和農業微生物運用領域的高水平技術人才，建成面向東南亞的一流微生物篩選和運用平臺。
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